Farnheim wurde erstmals urkundlich 1259 erwähnt, und bis in die Anfänge des zwanzigsten Jahrhunderts schrieb sich der Name der Stadt noch einem mit H in der ersten Silbe. Die Bedeutung des Namens rührt aus den großen, alten Waldflächen des kaiserlichen Reiches. Dort hat man besonders im lichten Unterholz hohe Vorkommen des Farngewächses verzeichnen können. Schnell ließen sich die ersten Fischer nieder und gründeteten am Waldesrand in Sichtweite zur Küste ihre ersten Siedlungen. Bereits Anfang des 14. Jahrhunderts zählten die kleinen verstreuten Ortschaften ingesamt fast 400 Einwohner. Mit dem Bootsbau besiedelte man auch schnell die vorgelagerte Insel in der Jade, dem heutigen pulsierenden Stadtzentrum. 1326 bekam Farrnheim das Stadtrecht verliehen. Ab 1473 war sie Hauptstadt des Königreichs Fahrnheim udn Residenzstadt des Kurfürsten. Ab 1798 wurde Farnheim Großstadt.

Im Zuge der Industrialisierung legte man die vielen neugegründeten Ortschaften (Becklum, Großhusener Groden, Süderwarden, Neuengroden und Farmsen) in einer ersten echten Gebietsreform zusammen. Fahrnheim zählte gegen Ende des Jahrhunderts rund 10.000 Einwohner und war zu einer lebhaften Handelsmetropole herangewachsen, die zudem im Schiffsbau viele Arbeitsplätze bot.

Im ersten, wie auch später im zweiten Weltkrieg war Farnheim bedeutender Marinehafen, und ist es bis heute geblieben. Von hier aus operierten zahlreiche U-Boote und Kriegsschiffe auf der Nordsee, im Ärmelkanal, sowie auf dem Atlantik. Bei Vlohm & Boss baute man von 1933-1944 überwiegend Schiffe für die Kriegsmarine.
In der Nacht vom 13. auf den 14. Juli 1944 bombardierten alliierte Bombergeschwader die Hafen- und Werftanlagen Farnheims, die dadurch schwer beschädigt wurden. Stark in Mitleidenschaft zog dieser Angriff allerdings auch die auf der Insel befindliche Innenstadt, bei dem knapp 2/3 der Bausubstanz nahezu komplett zerstört wurden. Dennoch kam Farnheim verhältnismäßig glimpflich davon. Da der Hafen auf der anderen Uferseite der Jade lag, blieb ein Großteil der bewohnten Stadtfläche von den verheerenden Bombardements verschont. So findet sich heute im gesamten Stadtgebiet auf dem Festland noch herrliche alte, und vielerorts liebevoll sanierte Bausubstanz.

Mit dem Beginn der Wirtschaftswunderzeit in den Fünfziger Jahren des 20. Jahrhunderts erlebte auch die Schiffsindustrie in Farnheim eine Renaissance. Handelsschiffe, Schlepper, kleinere Tankschiffe und erste Ausflugdampfer liefen in den Folgejahren vom Stapel. Die Vlohm & Boss etablierte sich zu einer Werft mit Weltruf und bekam fortan immer lukrativere Aufträge.

Heute hat sie sich auf die Reparierung und Überholung der zahlreichen berühmten, großen Kreuzfahrtschiffe, wie z. B. die Queen Victoria, spezialisiert.

Ende der 1950er Jahre bezog auch eine EInheit der Marine der noch jungen Bundeswehr die alte Störtebecker Kaserne und machte Farnheim seitdem zum Heimathafen der Fregatten Bayern, Nordrhein-Westfalen und Thüringen. Ferner liegt hier auch ein kompletter U-Boot-Verband vor Anker.

Die zweite Gebietsreform Ende der sechziger Jahre schloss die Gemeinden Westerwede (Freihafen) und Schmallenberger Heide im Norden mit ein, und stellt somit seitdem den aktuellen Stadtgrenzenverlauf.

Heute ist Farnheim zu einer Großstadt mit über 571.000 Einwohnern herangewachsen und liegt im Norden des heutigen Niedersachsens an der Nordseeküste zwischen Bremen und Wilhelmshaven. Die Gesamtfläche der Stadt beträgt 228 qkm, die Nord-Süd-Ausdehnung 19 und die West-Ost-Ausdehnung 12 Kilometer. Die Stadt wird durch den Fluss Jade durchzogen und stellte im vergangenen Jahrhundert mit Bremen und Wilhelmshaven zusammen den zweitgrößten Umschlagplatz Deutschlands für Waren und Güter aus aller Welt dar. Durchschnittlich 2.504 Einwohner leben auf jeden Quadratkilometer Stadtfläche. Die Arbeitslosenquote liegt derzeit bei 7,8 %, Tendenz fallend.

Mit dem Strukturwandel, der nun weitestgehend abgeschlossen ist, bereiteten die Stadtväter Farnheim auf die Zukunft vor: So wurde z. B. das alte Hanseviertel mit Millionenaufwand kernsaniert, und bietet heute Interessenten einen attraktives Wohn- und Geschäftsviertel mit einer atemberaubenden Sicht auf den niemals ruhenden Hafen. Ebenso wurde in den letzten Jahren der Ausbau der Farnheim Messe AG mit rund 1.300 Mitarbeitern vorangetrieben, und man konnte im Jahr 2006 zwei weitere Großhallen von je 30.000 qm eröffnen. Nun finden in 12 Hallen mit insgesamt 488.000 qm Ausstellungsfläche (inkl. 187.ooo qm Freigelände) alljährlich bedeutende Messen von Weltruf statt. Ferner sieht sich auch der Internationale Flughafen mit stetig steigenden Passier- und Stückgutzahlen konfrontiert. Rechnung trägt der augenblickliche Bau des neuen Südterminals, der neu eröffneten BrickAir Cargo-Halle und des neuen Logistikzentrums im Norden des Geländes.

Die Stadt wird im Osten durch die A 27 und Norden durch die A 1 und quer durch die Stadt durch die B 9 durchzogen. Es gibt drei Autobahnkreuze und insgesamt 15 Anschlusstellen im Stadtgebiet. Innerhalb der Stadtgrenzen sind die Rettungsorganisationen für 54 Kilometer und außerhalb der Stadtgrenzen für weitere 12 Kilometer Autobahn zuständig.

Ferner befördert der Personennahverkehr auf der Schiene täglich rund 480.000 Menschen. Der Güterverkehr bewältigt ankommende Stückgüter aus dem Hafen, und das angegliederte Betriebsgelände der Deutschen Bahn sorgt für einen reibungslosen Verkehr zwischen Hafen und Binnenland. Im Jahre 2009 wurden somit insgesamt 7,3 Mio t. Stückgut umgesetzt.

Der Hafen Farnheims spielt bei der Infrastruktur eine sehr bedeutende Rolle. Er verfügt über drei Containerterminals (eines davon voll elektronisch gesteuert), vier großen Containerbrücken bis 50 t., 453.000 qm überdachte Lagerfläche und rund eine Millionen Kubikmeter Lagerraum für Flüssiggüter. Zudem ist vor den Toren der Stadt die Jade Öl AG ansässig. Dort lagern in 32 Großtanks Treibstoffe und Schmiermittel in einer Höhe von rund 1,5 Millionen Kubikmetern.

Die Schiffszufahrt nach Farnheim wird durch das 250 Meter breite, betonne Fahrwasser gebildet. Unter Berücksichtigung eines Tiedenhubs von 2,70 m bei Wangerooge und 3,40 m in Höhe des Ölhafens können 20 m tiefgehende, in der Regel vollbeladene Tanker mit einer Tragfähigkeit von 250.000 Tonnen den Ölhafen anlaufen. Damit ist Farnheim nach Wilhelmshaven der zweite deutsche Hafen, der Schiffe dieser Größe aufnehmen kann.

Die geschichtsträchtige Großwerft Vlohm & Boss im Farnheimer Hafen kann dank neu ausgelegter Geschäftsfelder und umfangreicher Investitionen auf volle Auftragsbücher bis mindestens 2012 hoffen. Der Hafen, als größter Arbeitgeber, bietet rund 13.000 Menschen in der Stadt einen Job. AMW (Automobil- und Motorradwerke) als zweitgrößter Arbeitgeber Farnheims, fertigt in seinen Werkshallen derzeit drei Nutzfahrzeugmodellreihen (Loaster, Cabster und Rockster).

Die Bundesmarine unterhält im Westen der Stadt die Störtebecker Kaserne und den Schiffsverbund dreier Fregatten, einem U-Boot-Geschwader und einigen, weiteren Versorgungs- und Unterstützungsschiffen. Zudem sind über das gesamte Stadtgebiet weitere schulische Einrichtungen der Marine verteilt. Insgesamt beschäftigt die Bundeswehr in Fahrnheim etwa 2.500 Menschen.

Sportlich kann die Stadt auf das Zugpferd des Farnheimer FC setzen. Der Fußballverein stieg zur Saison 2006/2007 in die zweite Liga auf, und bekam daraufhin eine neue Sportstätte, die AMW-Arena. Das Stadion fasst im normalen Spielbetrieb 45.000 und bei anderen Veranstaltungen sogar bis zu 60.000 Menschen. Internationale Musikgrößen, wie die Foo Fighters, Madonna oder die Rolling Stones traten bislang schon dort auf.

Kulturell hat Farnheim, neben den großen Konzertveranstaltungen, ein unfangreiches Programm zu bieten. Attraktive Aufführungen in der Oper, der neuen Philharmonie und dem Stadttheater sorgen jeweils für anspruchsvolle Unterhaltung. Die Vergnügungsmeile „An der Ufertraverse“ lockt, wie die rund 300 weiteren Kneipen, Bars und Clubs im Stadtkern zahlreiche Gäste an. Zwei große Mutiplexkinos und drei weitere, teilweise historische Programmkinos sind das Mekka für Cineasten. Ferner locken architektonische Highlights wie der Becklumer Fernsehturm, die alte Stadtbrücke, das Hanseviertel, die Schifffahrtsinsel mit seinem Blumengarten, das Planetarium im Stadtwald oder auch das Künstlerviertel jährlich rund 1 Millionen Touristen in die Stadt.

Kulinarisch gilt es auch die lokalen Spezialitäten, wie die Farnheimer Plütnje, ein in Öl gebackendes Hefeteigplätzchen, oder das Sprottenkraut zu probieren. Sprottenkraut ist im Grunde ein altes Gericht der Hafenarbeiter, dass die Männer bei ihrer harten Arbeit zu neuen Kräften kommen ließ.
Es besteht aus einem Graubrötchen, gefüllt mit Krautsalat und gebratenen Sprotten, dazu gibt es traditionell den „Köhler Brand“, ein starker und aromatischer, schwarzer Tee. Ferner ist die Farnheimer Privatbrauerei Müntjes seit 1886 mit ihren geschmackvollen Erzeugnissen selbst über die Landesgrenzen Niedersachsens bekannt.

Bildungstechnisch hat sich Farnheim in den letzten 30 Jahren zu einer Studentenstadt gewandelt. Eine Universität und zwei Fachhochschulen (Design und Musik) bilden den entsprechenden Rahmen dafür. Rund 23.000 Studenten haben sich 2009 an den drei Standorten für Lesungen eingeschrieben.

Der Farnheimer Einzelhandelsverband mit seinen 800 verschiedenen Fachgeschäften und 13 Kauf- und Warenhäusern macht einen jährlichen Umsatz von rund 250 Millionen Euro.